1.和Hartnup综合征鉴别
其区别在于该综合征的代谢异常不仅限于色氨酸，还有多种单氨-单羧酸的转运和代谢障碍，因此尿中不仅排泄大量尿蓝还可查出其他几种氨基酸，此外临床表现有糙皮病伴皮疹，间歇性共济运动失调、腹痛、胸痛、四肢痛等可鉴别。
2.与绿脓杆菌感染鉴别
由于绿脓杆菌感染出现的尿布蓝绿色，或阻塞性黄疸尿中的胆绿色及因其他肠道疾病引起肠道细菌增加，产生过多的吲哚说只的假阳性反应。
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