胸腺瘤预后与多种因素有关，肿瘤转移、肿瘤>10cm、气管或血管受压、>30岁、上皮型或混合型肿瘤以及血液系统合并症常提示的患者预后较差。其中肿瘤组织类型和肿瘤分期对预后更重要。良性胸腺瘤手术完整切除后5年生存率为50%一70%，而恶性胸腺瘤5年生存率仅20%～55%。
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