1.实验室检查及辅助检查：
1.1.血常规检查 周围血白细胞总数巾度升高，出现左移现象。
1.2.尿液分析 有泌尿道症状者可出现显微镜血尿，蛋白尿。
1.3.血清学检查 血清谷草转氨酶、磷酸肌酸激酶、醛缩酶常升高，1/3出现杭利尿激素异常分泌。血清尿素氮升高。
1.4.脑脊液检查 脑脊液压力升高。细胞数中度升高.达500 x10^6/L，尽管早期可出现中性粒细胞升高，但主要为淋巴细胞数升高。蛋白升高，一般为0.45一1.00g/L，少数越过5.0g/L。糖正常。
1.5.病原学检查 从脑脊液和血清中分离病毒比较困难，现很少采用。约半数以上死亡患者，从其脑组织混悬液进行幼鼠脑内接种可以找到病毒，冰冻脑组织切片免疫荧光检查可以发现病毒抗原。尿沉渣细胞中的SLE病毒抗原可用荧光技术检测到。在免疫电镜下能发现尿中的病毒样颗粒。
1.6.血清免疫学检查 特异性诊断通常取决于急性期和恢复期双份血清试验。血凝试验作为筛选，主要用于组抗原检测。抗体滴度在起病后第1周迅速上升，但易与登革热病毒发生交叉免疫反应。补体结合抗体在疴程第2周出现，第3～4周达高峰，由于这种抗体在体内持续9一12月才下降至较低水平。故诊断需要早期栅陕复期双份血清，抗体滴度超过4倍以上才有诊断价值。补体结合抗体交叉反应要比血凝试验反应少。中和试验是最有特异的，在病程第1周出现，通常是终身免疫。酶联免疫方法检测脑脊液中特异性IgM抗体具有迅速和早期诊断价值，在病程3—5日能测出。7—14 日达高峰。由于黄病毒类感染易产生交叉免疫反应.病毒外膜糖蛋白是刺激产生保护免疫的主要抗原，通过重组圣路易脑炎病毒样颗粒(VLPs)分析，鉴定出有关黄病毒交叉免疫话性氨摹酸残基表位决定簇，其中有3个高保守区融合肽Glyl04、Gly106和Leul07。这些氨基酸残基置换明显影响病毒样颗粒分泌和交叉单克隆抗体反应性。外膜糖蛋白结构澄清为特异性检测避免交叉反应具有重要意义。
1.7.影像学检查 脑电图表现为典型无定型δ波。放射性同位素和CT检查为正常。在某一地区同时有相类似的患病和同一类似血清学诊断，对诊断至关重要。主要与其他病毒性脑炎，细菌性、螺旋体性、真菌性脑膜炎鉴别。在老龄患者还需要与中风鉴别。
2.并发症和后遗症：本病并发症主要为支气管肺炎，细菌性败血症,肺栓塞，消化道出血。30%～50%患者需要有较长时间(1～3年)的恢复期，此期间大多表现有感觉异常、感觉过敏、震颤、失眠、精神压抑、记忆力减退、头痛等症状。大约20%患者病后留有不同程度后遗症，主要表现步态不稳、语言障碍、感觉及运动神经受损、精神神经等症，尤其是老龄人和病情严重者易留下后遗症。
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