细菌疫苗包括了死亡的微生物、活的但已经减弱其毒性的以及活的毒性充分的一共三种。一般而言，细菌疫苗指的是那些对某一特定的传染病产生或增加了人工免疫力的制剂,一般可以分为活菌苗及死菌苗两类。
较为常用的活菌苗包括有能够预防结核病的卡介苗、鼠疫活菌苗等疫苗;而死菌苗指的是那种能够利用化学或物理方法将病原菌杀死，并且仍继续保持其免疫原性从而制备的死菌苗。
而关于活菌苗的制备，其主要的关键在于获得减毒或无毒的菌株，但是需要注意的一点是该菌株需保持其免疫原性。例如卡介苗是将结核杆菌在人工培养基上传230代(经13年)后获得的一类疫苗。而痢疾杆菌的依赖链霉素菌株则是通过选择后获得的突变株。一般来讲，活菌苗在进行接种后，在人体体内往往具有一定的生长繁殖能力，类似经型或隐性感染。一般活疫苗只需进行接种一次且活疫苗所需要的量往往比较小，但是其引起的免疫效果不仅较好且还往往能够维持较长的时间。但是由于活疫苗也有可能因除引见全身免疫外，甚至是能引起局部免疫，因此活疫苗如果以自然感染的途径进行接种则往往更为适宜。不过活疫苗由于需要维持其自身的活力，因此对于菌苗的保存往往需一定的冷藏条件且有效期较短。
与活菌苗不同，那些通过用化学或物理方法将病原菌杀死后仍保持免疫原性而制备而成的菌苗则为死菌苗。常用的死菌苗有霍乱、伤寒、副伤寒甲、乙混合菌苗、百日咳菌苗等。死菌苗由于病原菌已经被杀死因此不能进行繁殖，因此在临床上，接种死菌苗的用量往往较大，并且接种者在接种后可能还会出现局部肿痛或发热等全身反应。
由于死菌苗大多需要经过多次接种才能获得较为良好的免疫效果。因此为了减少死菌苗的接种次数，人们现常常会将不同种类的死菌苗作合理的混合后制备成联合菌苗，如伤寒菌、甲、乙型副伤寒菌混合的三联菌苗。
