显性基因(Dominant allele)用来形容一种等位基因，是控制显性性状发育的基因。在二倍体生物中，杂合状态下能在表型中得到表现的基因。通常用一个大写的英文字母来表示。无论在同质还是异质的情况，都会影响表现型，则称为显性的。显性基因决定的遗传过程，称为显性遗传。而隐性基因决定的遗传，则称为隐性遗传。
显性基因常能形成一种有功能的物质(如酶)，而它的隐性等位基因则由于相应的核苷酸发生了突变而不能产生这种物质，所以在杂合体中只有显性基因能表现出正常的功能(显性)
有时，等位基因只有两种可能，其中刚好一项是隐性，一项的显性。隐性基因习惯以小楷英文字母表示，对应的显性基因则以相应的大楷字母表示。这类隐性和显性基因的分布可用哈代-温伯格定律估计。
亦可能会有多于一个等位基因是显性的，这种情况叫共显性。如人类血型中，A和B都是显性的，O是隐性的。
许多著名的遗传病都是隐性的，因为这较难从表现型发现。
19世纪60年代，遗传学家孟德尔就提出了生物的性状是由遗传因子控制的观点，但这仅仅是一种逻辑推理的产物。
20世纪初期，遗传学家摩尔根通过果蝇的遗传实验，认识到基因存在于染色体上，并且在染色体上是呈线性排列，从而得出了染色体是基因载体的结论。
20世纪50年代以后，随着分子遗传学的发展，尤其是沃森和克里克提出双螺旋结构以后，人们才真正认识了基因的本质，即基因是具有遗传效应的DNA片断。研究结果还表明，每条染色体只含有1~2个DNA分子，每个DNA分子上有多个基因，每个基因含有成百上千个脱氧核苷酸。由于不同基因的脱氧核苷酸的排列顺序(碱基序列)不同，因此，不同的基因就含有不同的遗传信息。
1994年中科院曾邦哲提出系统遗传学概念与原理，探讨猫之为猫、虎之为虎的基因逻辑与语言，提出基因之间相互关系与基因组逻辑结构及其程序化表达的发生研究。
