厌氧菌指的是一类相对来说，在无氧条件下比在有氧环境中会生长得更好然而却不能在空气(18%氧气)和(或)10%二氧化碳浓度下的固体培养基表面生长的细菌。
根据对O₂的耐受程度的强弱可将厌氧菌大致分为一下三大类：对氧极端敏感的厌氧菌：代表菌种为月形单胞菌，这类细菌对厌氧条件要求很高，在空气中暴露10min即死亡，因此在临床上很难将其分离得到。以脆弱拟杆菌、产气荚膜梭菌等临床分离常见的厌氧菌为代表的中度厌氧菌，与对氧极端敏感的厌氧菌不同，它们在空气中暴露60～90min或在脓汁抽出72h后仍然能分离出来。以溶组织梭菌为代表的耐氧厌氧菌，这类细菌不能利用氧，即在无氧条件下生长较好，而在有氧条件下生长状况往往不佳。
厌氧菌的能量代谢一般是以无氧发酵的方式进行，这主要是由于这类细菌缺乏完整的代谢酶体系的缘故。因此，它往往能引起人体不同部位的感染，包括阑尾炎、胆囊炎、中耳炎、口腔感染、心内膜炎、子宫内膜炎、脑脓肿、心肌坏死、肠道手术或创伤后伤口感染、盆腔炎以及菌血症等。
临床上用来治疗厌氧菌的抗生素必须选择对厌氧菌敏感的才会有相应的治疗效果。大多数厌氧菌，除脆弱类杆菌外，均对青霉素G敏感。
而林可霉素的抗菌谱与青霉素G相仿，因而当病人对青霉素发生过敏时即可选用。此外，氯霉素几乎对所有的厌氧菌包括脆弱类杆菌在内均有效，但其缺点是具有骨髓抑制的较高危险性。
与此同时，厌氧菌对四环素、红霉素和氯霉素的敏感性有差异，且在治疗过程中迅速产生抗药性，氯林可霉素对厌氧菌感染的疗效优于林可霉素，但它和林可霉素一样，有时会引起致命的假膜性结肠炎。
