免疫器官(immuneorgan)根据发生的时间顺序和功能差异，可分为中枢免疫器官(centralimmuneorgan)和外周免疫器官(peripheralimmuneorgan)两部分。它是指实现免疫功能的器官或组织。免疫系统是由参与免疫功能的器官与无被膜淋巴组织、免疫细胞(主要为淋巴细胞、巨噬细胞等)共同组成。淋巴组织是免疫器官主要组成部分。胸腺和骨髓是中枢免疫器主要组成部分;它在胚胎发育中出现比较早。周围免疫器官包括相互连接成网络的血循环和淋巴循环两个循环通路，包括脾脏、分散全身各处的淋巴结、肠壁淋巴小结、呼吸道粘膜的淋巴组织、阑尾、扁桃体等，在胚胎中出现较迟。
中枢免疫器官被称为一级免疫器官，它包括骨髓、胸腺、鸟类法氏囊或其同功器官。中枢器官主导免疫活性细胞的产生、增殖和分化成熟，它的作用是外周淋巴器官发育和全身免疫功能起调节。胸腺的细胞分为淋巴样细胞和非淋巴细胞两类。淋巴细胞包括原始T细胞向成熟T细胞分化过程中各种不同阶段的细胞，统称为胸腺细胞;胸腺细胞是胸腺内的主体细胞，其分布从皮质到髓质逐渐减少。腔上囊(bursaofFabricius)是鸟类动物特有的淋巴器官;它位于胃肠道末端泄殖腔的后上方。腔上囊与胸腺的不同是它能够训化B细胞成熟，主导机体的体液免疫功能。骨髓是成年人和动物所有血细胞的来源，各种免疫细胞也是从骨髓的多能干细胞发育而来。骨髓的主要功能是产生血细胞，近来证明骨髓还是腔上囊同功器官。
外周免疫器官包括淋巴结、脾和粘膜相关淋巴组织(mucosaassociatedlymphoidtissue，MALT)等，是免疫细胞聚集和免疫应答发生的场所。淋巴结的结构淋巴结为近乎圆形的网状结构，表面有一层结缔组织被膜，略凹陷处为门，有输出淋巴管和血管出入;它的功能有滤过和净化、免疫应答场所和淋巴细胞再循环基地。脾脾的组织结构脾是体内形体较大的淋巴器官，结构类似淋巴结。脾的功能脾是在胚胎期是重要的造血器官。各种免疫器官中的淋巴细胞并不是定居不动的群体，而是通过血液和淋巴液的循环进行有规律的迁移，这种规律性的迁移为淋巴细胞再循环(lymphocyterecirculation)。粘膜相关淋巴组织(MALT)是在各种腔道粘膜下有大量的淋巴组织聚集;其中最重要的是胃肠道粘膜相关淋巴组织(GALT)和呼吸道粘膜相关淋巴组织(BALT)。
