等位基因(对偶基因)指的是一些占据染色体的基因座的可以复制的脱氧核糖核酸，即位于一对同源染色体的相同位置上控制着相对性状的一对基因。若一个座位上的基因以两个以上的状态存在则为复等位基因。等位基因大部分时候指的是脱氧核糖核酸序列，也可以被用来形容非基因序列。等位基因分为杂合子和纯合子，两个等位基因互不相同则为杂合子，相同则是纯合子。在杂合子中又有隐性基因和显性基因，它门能使生物表现出不同的性状。
等位基因是位于同一染色体上相同位置但控制不同性状的基因，等位基因控制相对性状的显隐性关系及遗传效应，可将等位基因区分为不同的类别。其中有拟等位基因和复等位基因。拟等位基因指的是表型效应相似，功能密切相关，在染色体上的位置又紧密连锁的基因。它们象是等位基因，而实际不是等位基因。非常靠近的基因之间的交换只能在极其大量的试验样品中才能观察到，由于它们的正常行为好像是等位基因，因此称为拟等位基因。复等位基因指的是同源染色体上同一位置上的等位基因的数目在两个以上的基因，任何一个二倍体个体只存在复等位基因中的二个不同的等位基因。在完全显性中，显性基因中纯合子和杂合子的表型相同。在不完显性中杂合子的表型是显性和隐性两种纯合子的中间状态。
等位基因之间存在着相互作用，当一个等位基因决定生物性状的作用强于另一等位基因并使生物只表现出其自身的性状时，就出现了显隐性关系。作用强的是显性，作用被掩盖而不能表现的为隐性。一对不同的等位基因各有自己特定的产物和表型，杂合子同时表现出双亲的特性，则是共显性。
