肠道菌群按一定的比例组合，各菌间互相制约，互相依存，在质和量上形成一种生态平衡，一旦机体内外环境发生变化，特别是长期应用广谱抗生素，敏感肠菌被抑制，未被抑制的细菌而乘机繁殖，从而引起菌群失调，其正常生理组合被破坏，而产生病理性组合、引起临床症状就称为肠道菌群失调症。确诊肠道菌群失调症需要做以下检查：
1、菌群分析
为主要检查方法，有定性分析和定量分析2种。
(1)定性分析：与一般微生物学检查相同，革兰氏染色阳性，细胞内着色不均匀，细菌培养可形成奶油色表面光滑细菌样菌落，带有酵母气味。但除三度比例失调(即菌群交替症)能检出外，其他比例失调则难以分析。因此，除定性检查外，尚需进一步作量检查，以判断数值是否正常。
(2)定量检查：一般实验室很少采用。
2、结肠镜检查
肠黏膜呈弥漫性充血、水肿，血管分支模糊不清或消失。有散在的糜烂溃疡及出血，有时可见黄色假膜附着。
3、纤维结肠镜检查
在结肠内窥镜下，有的可见到肠腔痉挛或有较多的黄白色稠性分泌物。有的肠壁可见多个表面呈黄色的溃疡改变。且镜检取病理在结肠黏膜组织标本中发现真菌。
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