慢性腹泻的病因主要有以下几种：
(一)消化系统疾病
1.肠原性慢性腹泻
(1)慢性肠道细菌性疾病：包括慢性痢疾、溃疡型肠结核、肠菌群失调。
(2)肠肿瘤：主要包括大肠癌、类癌综合征、恶性淋巴瘤、恶性平滑肌瘤及其他肿瘤。
(3)肠吸收功能障碍。
(4)肠寄生虫病。
(5)放射性肠炎。
(6)原因不明的肠炎：包括局限性肠炎、溃疡性结肠炎。
2.胃原性慢性腹泻
3.胰原性慢性腹泻
4.肝、胆疾病所致慢性腹泻
(二)内分泌代谢疾病
主要包括甲状腺功能亢进症、慢性肾上腺皮质功能减退、垂体前叶功能减退、甲状腺功能减退症、甲状旁腺功能减退症、糖尿病、尿毒症、水电解质平衡失调。
(三)慢性中毒
主要包括慢性金属中毒、慢性酒精中毒、慢性药物中毒、慢性工业中毒及其他中毒。
(四)免疫性疾病
主要包括嗜酸粒细胞性胃肠炎、低丙种球蛋白血症、系统性红斑狼疮、硬皮病、自身免疫性肝炎、桥本甲状腺炎、免疫球蛋白A重链病、皮肌炎等。
(五)功能性疾病
主要包括植物神经性功能紊乱、精神病、肠易激综合征等。
发病机制：
(一)肠排空加块
此种情况是肠内容物的量正常而蠕动增加，见于神经兴奋性异常增高(如肠易激综合征)、异常的化学物质刺激(如类癌综合征)、肠道慢性炎症(如慢性结肠炎、肠结核)及肠内容物停留时间过短(如短肠综合征)。
(二)食物在肠内消化不良
可见于倾倒综合征、慢性胰腺疾病、大部分肠切除术后等。
(三)对被消化的食物吸收不良
见于原发性与继发性吸收不良综合征。
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