能引起胃真菌病的主要菌种是白色念珠菌(monilia albicans)和曲霉菌(aspergillus),而放线菌则较为少见。
胃黏膜的局部血循环障碍或免疫力的减退可能为胃真菌病的发病基础。初时常在胃黏膜上形成一层白喉样的假膜,以后再发展为溃疡,有时可发生黏膜下层血管的栓塞。溃疡或为单数或为多数,有时很小,有时可能累及整个胃壁,但一般不致形成穿孔。病灶上的坏死组织中常见有真菌存在,如属放线菌感染则可见有硫磺颗粒。
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