嘌呤核苷磷酸化酶缺乏症不会遗传。疾病可分为遗传病和非遗传病两大类。遗传病是指完全或部分由遗传因素决定的疾病，常为先天性的，也可后天发病。由感染或伤害引起的则是非遗传病。嘌呤核苷磷酸化酶缺乏症属于非遗传性疾病，病因如下：
嘌呤核苷磷酸化酶缺乏症的病因与嘌呤核苷磷酸化酶缺乏症是由于第14对染色体上编码PNP的基因缺陷，如氨基酸的替换、密码子的缺失或内含子的点突变，造成PNP缺乏，最常见的突变基因为R234P。PNP为90kDa的三聚体蛋白，其功能是催化鸟苷转化为鸟嘌呤及催化次黄嘌呤，核苷转化为次黄嘌呤，最终生成尿酸。当PNP缺乏时，血中鸟苷和次黄嘌呤增多，可导致淋巴细胞中核苷酸代谢产物脱氧三磷酸鸟苷(dGTP)的蓄积，抑制淋巴细胞合成DNA，使淋巴细胞增殖受限。由于T细胞对PNP缺乏比B细胞敏感，故PNP缺乏以细胞免疫缺陷为主。
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