蛋白质-能量营养不良不会遗传。疾病可分为遗传病和非遗传病两大类。遗传病是指完全或部分由遗传因素决定的疾病，常为先天性的，也可后天发病。由感染或伤害引起的则是非遗传病。蛋白质-能量营养不良属于非遗传性疾病，病因如下：
蛋白质-能量营养不良的进食不足、胃肠道疾病、蛋白质合成障碍与丢失、分解代谢加速是本病的主要原因。主要由热量消耗不当，导致蛋白质和微量元素缺乏而引起。生长速度快，感染，损伤，或慢性消耗性疾病患者都增加了对营养的需求，特别是有营养障碍的婴幼儿和青少年。
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