1.流行病学史：三周内接触过百日咳病人，或该地区有百日咳流行。
2.诊断检查：
2.1.实验室检查
2.1.1.血液检查：白细胞总数和淋巴细胞分类计数在第一周末开始升高，痉咳期最高。淋巴细胞分类0.60～0.90，T、B淋巴细胞均升高，继发感染时中性粒细胞增高。
2.1.2.血清学检查 应用EIA或蛋白质印迹法可检测凝集原抗体、百日咳外毒素抗体、腺苷环化酶和69kDa百日咳粘附素的抗体等。血清抗体可作为回顾性诊断和流行病学研究。特异性分泌IgA一般出现在病程第2~3周，持续3个月左右，如细菌培养阴性本检查有助于诊断，菌苗免疫者特异性分泌性IgA阴性。
2.1.3.细菌学检查
细菌培养：卡他期培养阳性率80%～90%.痉咳期降至50%或以下。培养方法阳性率由高至低：鼻咽吸出物、鼻咽拭子培养、咳碟法。
免疫荧光抗体试验。
分子杂交检查：特异性、敏感性均高，可作快速诊断。
聚合酶链反应(PCR)：检查患者鼻咽吸出物或鼻咽拭子中的百日咳抗原DNA，快速、敏感、特异性强。
2.影像学表现：无特异性，多为正常。有些患者可能出现支气管周围袖套征表现。
3.诊断：对有呼吸道症状的儿童要注意询问本病的接触处史，若体温下降而咳嗽加重，尤在夜间为甚，出现典型阵发性痉咳，肺部体征阴性须考虑百日咳。若白细胞总数和淋巴细胞分类明显增高，则可临床诊断。如细菌学检查或PCR阳性则可确诊。
3.1.诊断要点
3.1.1.阵发性痉挛性咳嗽，伴有吸气性鸡鸣样吼声，反复发怍2周或以上。肺部无阳性体征。可有低热。可见舌系带溃疡。
3.1.2.新生儿和2～3个月小婴儿无典型痉挛性咳嗽，而表现为咳嗽数声后出现屏气、面色发绀、窒息或惊厥。
3.1.3.血白细胞数明显增多，分类以淋巴细胞为主。
3.1.4.排除其他可引起百日咳样痉挛性咳嗽的呼吸道疾病。
3.1.5.病原学检查发现：①咳碟法或鼻咽拭子培养出百日咳杆菌。②鼻咽拭子涂片用荧光抗体检查有百日咳杆菌。③双份血清做凝集试验或补体结合试验，效价呈4倍升高。
3.1.6.应注意与百日咳综合征及肺门淋巴结、胸腺肥大等压迫气管或支气管所致的阵咳相鉴别。
具备上述第1～4项可临床诊断本病，如同时具有第5项中之一可确诊。
3.2.鉴别诊断：
3.2.1. 急性支气管炎：可有刺激性咳和吸气性喉鸣，有发热、声音嘶哑，咳无鸡啼样吼声。
3.2.2. 气管内异物：有异物吸入史、X线检查有助诊断。
3.2.3. 支气管淋巴结结核：肺门淋巴结肿大压迫气管引起阵咳，但缺乏百日咳典型鸡啼样回声。根据结核病接触史、结核菌素试验、血沉、X线检查可作鉴别。
3.2.4. 百日咳综合征：副百日咳杆菌及其他病菌以及一些病毒也可引起类似百日咳的症状，其临床症状、血象、X线发现与百日咳有相似之处，但常可分离出腺病毒、呼吸道病毒、肺炎支原体或副百日咳杆菌等，而未分离到百日咳杆菌。
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