潜伏期一般1~3日。正呼肠孤病毒感染很普遍。人类主要表现轻度胃肠道和上呼吸道疾病。婴幼儿主要表现为上呼吸道感染、发热、发热性皮疹及肠炎。在成人也是常见的,在成人志愿者感染中,大多数是无症状的。有一些有轻微的呼吸道症状。1型和2型正呼肠孤病毒可引起普通感冒,伴有全身不适和头痛,3型病毒可引起鼻炎。用RT-PCR方法扩增肝和胆道组织提取物中正呼肠孤病毒L1基因片段,结果55%的肝外胆道闭锁和78%的胆总管囊肿患者病毒RNA阳性,显著高于其他肝胆病患者,认为正呼肠孤病毒是肝外胆道闭锁和胆总管囊肿的病因。与神经系统疾病和发疹性疾病相关也有报告。鸟禽类和哺乳动物的正呼脑孤病毒感染已明确与呼吸道和消化道病相关。野鸡的正呼肠孤病毒感染表现为呼吸困难和绿色水样稀便。烤鸡则表现为不成形的稀便。家禽的胃肠道感染与正呼肠孤病毒相关。病毒I型可引起羊的呼吸道感染和肺炎。鼠的实验性感染中,正呼肠孤病毒可引起中耳炎、急性心肌炎、致死性脑炎及胰高炎等。
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