咽痛可由炎症、创伤、过敏、肿瘤及全身性疾病等引起，亦可由外科手术及气管插管引起。非病原因素包括张口呼吸引起的黏膜干燥、呼吸道细菌感染、饮酒、吸烟及内科病因等引起的局部刺激。
(一)粒细胞减少症
在这种疾病，咽痛通常伴随有其他炎症引起的症状和体征，如发热、寒战、头痛。典型表现还有进行性的乏力及虚弱。其他临床表现还包括恶心、呕吐、厌食及出血倾向。边缘毛糙并伴有灰色或黑色被膜的溃疡经常会出现在齿龈、软腭及肛周。
(二)过敏性鼻炎
本病可以季节性发作，发生咽痛及鼻塞和清亮鼻涕、后鼻滴涕、阵发性喷嚏、嗅觉减低，前面或颢侧头痛，眼、鼻、咽发痒。体格检查发现鼻甲黏膜苍白、结膜充血、眼睑充血。
(三)禽流感
咽痛、肌肉酸痛、咳嗽和发热是禽流感的早期症状。致病菌家禽甲型H5N1可导致肺炎及急性呼吸窘迫和其他一些威胁生命的并发症。最近一次H5N1引起的家禽流感暴发是在亚洲，引起了与家禽及污染物接触的人群的发病及死亡。研究正在向有效的抗病毒药物及疫苗方向发展。
(四)急性支气管炎
在此疾病，可发生轻微咽痛、肌肉酸痛及背痛。听诊可闻及干啰音、湿咿音，偶可闻及尖锐的肺泡音。
(五)慢性疲劳综合征
这种特殊的临床综合征是以进行性的失功能的疲劳为特征。辅助检查可见咽痛、肌痛及认知障碍。
(六)普通感冒
咽痛可伴随有咳嗽、喷嚏、鼻塞、流涕、乏力、头痛、肌痛及关节痛。
(七)接触溃疡
多发生于工作压力大的人群。溃疡出现在后科卡尔线，可引起咽痛，可因发音而加剧，可伴有放射性耳痛及咯血。典型的症状可有慢性咳嗽或酸反射。
(八)异物
腭扁桃体、舌扁桃体及梨状隐窝部位异物可引起局部疼痛。只要黏膜刺激存在，这种疼痛可能会在异物去除后持续存在。
(九)胃食管反流性疾病
此种疾病时。反流物可反流人下咽部并刺激咽喉，引起慢性咽痛及声音嘶哑。杓状软骨可出现红、肿，同时出现咽部的肿物感觉。
(十)舌咽神经痛
舌咽神经痛可由特殊的咽部运动引发.比如打呵欠、吞咽等。触发后引起～侧扁桃体隐窝内的刀割样疼痛，可向外耳放射。
(十一)单纯疱疹病毒
咽痛可以由黏膜损伤引起，特别是舌、齿龈及面部。在前驱期后，发展成红色疱疹，最后破裂形成溃疡，引起疼痛，最后形成微黄色的痂。在大多数的感染中，疱疹通常伴发颌下淋巴结疾病、口臭，唾液分泌增多、厌食及高达40。6℃的高热。
(十二)流感
流感患者通常会出现咽痛、高热、寒战、头痛、乏力、不适、肌痛、咳嗽、声音嘶哑及流涕。
(十三)喉癌
外生的喉癌，重要的症状是饮柑橘汁及热饮时出现的疼痛、咽部烧灼感或咽部的异物感。内生的喉癌，伴发>3周的声音嘶哑。晚期转移的症状及体征包括吞咽困难、呼吸困难、咳嗽、颈部淋巴结肿大及外耳放射痛。
(十四)急性喉炎
急性喉炎可引发咽痛，但其主要症状是中至重度的声音嘶哑或短暂性声音缺失。其他的症状包括不适、低热、吞咽困难、干咳及颈部淋巴结肿大伴触痛。
(十五)猴痘
这种少见的病毒感染性疾病的早期症状包括咽痛、发热、淋巴结病、寒战、肌肉疼痛及皮疹。猴痘病毒感染后表现类似天花。但其症状较天花缓和，在非洲西部，2003年美国报道过该病毒。对于猴痘的处理没有特异性的办法。其病程可持续2～4周。
(十六)细菌感染引起的单核细胞增多症
咽痛是其经典的3个症状之一，其余两个表现为颈部淋巴结肿大及38～38.9℃的波动热。发病的患者可同时出现肝脾肿大。
(十七)急性坏死性溃疡性牙龈炎
本病又叫战壕口腔牙龈炎，以突发的咽痛及牙龈溃疡出血为首发症状。可以有白色渗出物覆盖牙龈及舌咽扁桃体。相关的症状及体征包括口腔内感觉臭味的味觉异常、口臭、颈部淋巴结肿大、头痛、不适及发热。
(十八)扁桃体脓肿
系细菌性舌炎的并发症，这种脓肿可引起剧烈的咽痛，可向外耳放射。伴随症状可有吞咽困难、流涎、发音困难、口臭、发热、寒战、不适及恶心。患者的头部经常向患侧倾斜，进一步体格检查可见腭垂倾斜、牙关紧闭、颈部淋巴结软性增大。
(十九)咽部烧伤
咽后部的I度或Ⅱ度烧伤可引起咽痛及吞咽困难。
(二十)咽炎
细菌、霉菌、病毒引起的咽炎可引起咽痛及局部的红肿。细菌性咽炎可引起一侧咽痛，伴随症状及体征包括吞咽困难、发热、不适、头痛、腹痛、肌痛及关节痛。体格检查可见舌及扁桃体窝的分泌物、腭垂水肿、软腭充血及颈部淋巴结肿大。鹅口疮也叫真菌性口炎，可引起弥散性咽痛，通常被描述为咽部烧灼感，伴发咽部红、肿，咽部、扁桃体、腭垂、舌部、口腔黏膜的白斑.白斑剥脱后可见基底出血。病毒性咽炎可产生弥散性咽痛、不适、发热及口咽后壁的轻微红、肿。扁桃体肿大及颈前淋巴结肿大可以伴随出现。
(二十一)咽上领间隙脓肿
咽上颌间晾脓肿是未处理的咽部及扁挑体感染或拔牙的并发症。咽上颌间隙脓肿可引起中度咽痛。进一步体格检查可发现咽中部红肿伴发患侧颌角及颈部红肿，其他的症状和体征包括发热、吞咽困难、牙关紧闭，亦可能伴有呼吸窘迫及毒血症。
(二十二)急性鼻窦炎
在此情况下可引发咽痛、鼻化脓、鼻后分泌物导致口臭。其他反应包括头痛、不适、咳嗽、发热及面部肿痛及鼻充血。
(二十三)舌癌
患有舌癌的患者可表现为局部咽痛，肿瘤周围可出现溃疡。疼痛可放射向耳部，同时出现吞咽困难。
(二十四)扁桃体癌
咽痛可出现于扁桃体癌，然而，肿瘤经常在症状出现之前就已经明显，疼痛可向外耳放射，经常伴随扁桃体或舌根的浅表溃疡。
(二十五)扁桃体炎
中重度的咽部疼痛经常是急性扁桃体炎的首发症状。疼痛可向外耳放射，伴随吞咽困难及头痛，相关的症状还可出现乏力、发热、寒战、口臭、肌痛、关节痛及颈部淋巴结肿大。进一步体格检查可见扁桃体红、肿及脓性分泌物。慢性扁桃体受可引起中度咽痛、不适及颈部淋巴结肿大，扁桃体光滑、发红，可伴肿大，可伴化脓小疱脱落。口臭及口内味觉异常可比较常见。舌扁桃体炎时可发生舌骨之上一侧或双侧咽痛。舌扁桃体出现红、肿，被覆分泌物。其他的症状还可以有声音低沉、眷咽困难及患侧的颈部淋巴结肿大。
(二十六)腭垂炎
此类炎症可能引起咽痛或咽部异物感。腭垂炎呈红、肿，但是，在过敏性腭垂炎表现为苍白。
(二十七)其他病因
气管插管及局部手术，比如：扁桃体切除术、增殖腺切除术均可以引起咽痛。
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