(1)首先应治疗有症状性UTI。因为还未有事实证明，对无症状的细菌尿的治疗能改善患者的临床状况及能消除细菌尿。唯一例外的是对无症状细菌尿患者尿路器械操作时应用抗生素，此时，在操作前尿液灭菌及操作后抗菌3～7天，能防止严重UTI的发生，甚至尿路败血症所致的死亡。
(2)因为病原菌多，且药敏性各异，尿培养对选择用药尤为必要。如治疗必须在尿培养药敏结果前开始，则需选用较其他UTI更为广谱的抗生素。因此，在复杂性UTI患者有明显的肾盂肾炎症状或尿脓毒血症时，开始应予以下方案治疗：氨苄西林 庆大霉素、亚胺培南-西司他丁或哌拉西林/三唑巴坦钠(哌拉西林-他唑巴坦)，而亚急性感染的患者磺胺甲噁唑(TMP) 甲氧苄啶(SMZ)或喹诺酮可为首选。
(3)如有可能应尽量纠正潜在的复杂因素，同时抗菌治疗。如可行，则4～6周的“治愈”疗程联合外科矫治治疗为宜。如外科矫治手术不能施行，则用旨在控制症状的7～14天短程疗法较合适。症状频繁发作者宜试用短程抑菌疗法。
一小部分特殊的复杂性UTI是因继发于脊椎损伤后神经性膀胱所致。这些患者，应间歇用清洁导尿管自行导尿并用磺胺预防，能减少UTI的发病。
(4)导尿管相关性尿路感染 目前，尿路感染是院内感染中最常见的一种，多与导尿有关，2%～4%的患者发展为革兰阴性杆菌败血症并可能导致死亡。
导尿管表面形成的一层生物膜是影响导尿管相关性尿路感染抗菌疗效的重要因素。细菌黏附在导管表面形成复杂的生物性结构，由细菌、细菌多糖-蛋白质复合物、Tamm-Horsfall蛋白、磷灰石、鸟粪石等其他成分构成。这一结构可保护细菌不受抗生素的攻击，而且一旦治疗停止，尿路感染即复发。因此，当导尿管相关的UTI需要治疗时，亦应更换导尿管。
长期留置导尿管，细菌尿是不可避免的。但我们可以采取一些措施延缓它的发生和减少抗生素耐药性的发生。其中尤为重要的是插尿管时无菌操作及导尿管的精心护理、密封的引流系统和不必要时尽快拔除导尿管。其他一些措施如在导尿管表面覆以银离子层、引流袋里消毒剂的应用及其他一些局部措施，是否有效仍不清楚。全身应用抗生素可以延缓细菌尿的出现，并对一些导尿期限明确的情况有益(如妇科、血管外科手术、肾移植等)。
导尿管相关性尿路感染需要准确的临床判断，任何有感染症状(如发热、寒战、呼吸困难、低血压)均需立即治疗，采用前面介绍的复杂性UTI的抗菌治疗方案。无症状者不需要治疗，长期留置导尿管的患者，很少有感染症状，除非导尿管阻塞或膀胱黏膜腐蚀破坏。这一类患者一旦出现症状，应予以抗生素治疗，并密切观察，更换导尿管或改变导尿方式。
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