妊娠合并抗磷脂综合征的病因可继发于系统性红斑狼疮或者其他自身免疾病，但也可单独出现(原发抗磷脂综合征)。
1.对孕妇的影响
(1)APA的滋养细胞毒性：在胎盘分化的过程中，当磷腊酰丝氨酸(phosphatidylserine，PS)抗体封闭了细胞膜上的磷脂酰丝氨酸后，凋亡程序被强行启动，从而阻碍了合胞体细胞和合体滋养层细胞的形成，从而导致植入失败。
(2)人绒毛膜促性腺激素(HCG)分泌受到抑制：一些体外实验证实依赖β2GP-I(β2糖蛋白一1)的ACA或非依赖β2GP—I的ACA及磷腊酰丝氨酸抗体能够抑制胎盘分泌HCG，影响滋养层细胞的植入。
2.对胎儿的影响
APA与反复流产关系，从APA阳性反复流产患者体内分离纯化的抗磷脂酰丝氨酸抗体，结果发现与对照组比较小鼠的吸收明显增加，胎盘的重量和胚胎的重量降低。另外，磷脂酰丝氨酸主动免疫小鼠，小鼠的流产率明显高于对照组，胎盘及胚胎的重量下降。用β2GP—I免疫小鼠，小鼠体内产生高效价β2GP—I并导致小鼠流产发生率远高于对照组。用病毒和细菌表达的β2GP—I肽段免疫动物也可产生同样的效果。
许多研究证明，aPL抗体与SLE习惯性流产有很强的相关性。归纳APA致流产主要原因如下：①aPA引起子宫胎盘血栓形成，导致胎盘、胚胎发育障碍而流产;②通过滋养层细胞毒性，抑制HCG分泌等介导植入失败。在非SIE患者中，有习惯性流产者50%为LA阳性，36%为ACL阳性。其中高滴度IgG型APA对妊娠的危险性极大，易发生自发性流产和死胎。流产可发生在妊娠的任何阶段，而以中后期更为多见。
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