肠道内种类繁多的细菌之间相互作用以维持肠道正常菌群的稳定性。肠道中需氧菌和兼性厌氧菌消耗氧气，有利于专性厌氧菌生长。专性厌氧菌过度繁殖反过来抑制需氧菌生长，进一步抑制厌氧菌自身繁殖。这些细菌还通过各种代谢产物互相影响，起到自身调节作用。有些学者将胃肠道菌群分为原籍菌（或称常住菌群或固定菌群）和外籍菌（或称过路菌群或游动菌群），正常菌群是以原籍菌为优势菌群，外籍菌参与组成，外籍菌在人体中数量少而且不稳定。当肠道内一些原籍菌由于失去制约而过度生长叫肠道菌群失调（alteration of intestinal flora）。
典型表现
1、肠道菌群失调症以腹泻、腹痛、腹胀为常见症状，严重者可发生电解质紊乱、低蛋白血症，甚至休克。肠道菌群失调与多种肠内外疾病的发生发展相关，是多种疾病的重要致病因素。
2、腹泻多为淡黄绿色水样便，有时如蛋花样。真菌感染可呈泡沫样稀便，有腥臭味，脓血便；葡萄球菌感染可排黄绿色稀便，每日3~20次，伴有腹胀，腹痛一般不明显，吐泻严重者可伴有脱水、电解质紊乱以及血尿素氮升高、血压下降；白色假丝酵母菌感染一般多从上消化道开始，蔓延到小肠甚至肛周，鹅口疮常是白色假丝酵母菌肠炎最早的信号，如小肠黏膜糜烂或溃疡可引起多次的无臭黏液脓性大便，有时可呈水泻，伴有消化不良，如治疗不及时，可扩散至呼吸道、泌尿道甚至脑组织；铜绿假单胞菌感染能产生蓝绿色荧光素使大便带绿色，但并不经常引起腹泻，一般腹痛轻，少数伴恶心、呕吐，多有水、电解质紊乱，重症者可发生休克。
3、有些旅游者可能因气候和环境的改变而发生肠道菌丛失调症，俗称水土不服。近年来，由于冰箱的普及使用，有的家庭储存大量的肉食品及疏菜，过久的储存使食物变质，食用后引起肠道菌群失调，造成呕吐、腹泻，有的出现精神不集中甚至精神恍惚。
症状起因
肠道菌群失调的发病多与腹泻、胃肠疾病（如胃大部切除术后、胃酸缺乏症）、药物因素（如不合理或滥用抗菌药物）、饮食习惯以及年龄因素有关。
1、腹泻
各种原因的腹泻可导致肠道菌群失调，反之肠道菌群失调也可引起腹泻。急性腹泻、肠炎、痢疾时常伴肠道菌群严重比例失调，常住菌明显减少，外籍菌异常增多。一方面菌群失调造成腹泻，可能由于细菌代谢产生的羟化脂肪酸增多，或由于胆盐代谢障碍影响脂肪吸收，另一方面腹泻也导致和加重菌群失调，可能由于肠疲乏运动加快或减弱肠道菌群抗定植力，或由于慢性腹泻患者长期反复用抗生素治疗反而加重菌群失调。
2、胃肠疾病
各种原因引起胃酸缺乏，如胃大部切除术后、胃酸缺乏症和长期应用抗酸药等；小肠手术后造成的解剖结构异常，致小肠运动减慢或停止都会造成小肠细菌过度生长。
3、药物因素
是造成菌群失调的最常见原因，不合理或滥用抗菌药物导致肠道菌群失调会加重病情或延长病程；即使合理应用抗菌药物也可导致菌群失调，因此为了减少菌群失调的发生，要严格掌握使用抗生素的指征。
4、饮食习惯
不良的饮食习惯会破坏肠道菌群平衡，现在饮食习惯比较偏西方化，三餐中动物蛋白、脂肪、精制糖类比例过高，导致肠道有益菌减少。
5、年龄因素
老年人肠道内双歧杆菌数量显著减少，肠杆菌及肠球菌数量增加。老年人肠道菌群失调与肠胃功能退行性及感染性疾病易患性增加相关。
常见疾病
腹泻、肠炎、痢疾、慢性菌痢、肠易激综合征、急性菌后腹泻、吸收不良综合征、霍乱、非特异性溃疡性结肠炎、假膜性肠炎等。
